Zakażenie mikroorganizmami może nastąpić zarówno podczas procesu wytwarzania, jak i w trakcie użytkowania przez konsumentów. Dlatego bardzo ważna jest kontrola na etapie jakości surowców oraz gotowych produktów. Bardzo trudno uzyskać w 100 % jałowe produkty dlatego tak ważna jest ich konserwacja, która zabezpiecza przed skażeniem mikroorganizmami oraz zepsuciem.  

Nie powinniśmy być jednak przerażeni bo ludzka skóra stanowi naturalną barierę ochronną przed mikroorganizmami. Lecz na jej powierzchni znajduje się mikroflora, która z jednej strony pełni funkcje obronne przed patogenami, a z drugiej – może stanowić źródło zanieczyszczeń kosmetyków.

Np: Uważa się, że największe zagrożenie stwarza Staphylococcus aureus, właśnie ze względu na fakt, iż powszechnie występuje na ludzkiej skórze. Często spotykany jest w kremach i balsamach do ciała, co świadczy o tym, że skażenie następuje w trakcie użytkowania kosmetyku. 

Wynika na to, że głównym ich źródłem jest sam użytkownik: bezpośrednio (jeśli drobnoustroje z jego skóry dostają się do kosmetyku) i pośrednio (jeśli nie przestrzega zaleceń producenta dotyczących sposobu użytkowania i przechowywania produktu). Ilość drobnoustrojów powinna być niewielka, nie zagrażająca nam w żaden sposób.